Historie plzeňského vysokého školství však sahá mnohem dál, až do roku 1948, kdy byla v Plzni založena Pedagogická fakulta – tehdy ještě jako pobočka Pedagogické fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Od roku 1953 působila jako samostatná Vyšší pedagogická škola, později jako Pedagogický institut a od roku 1964 byla samostatnou Pedagogickou fakultou. O rok později vznikla v Plzni také Vysoká škola strojní a elektrotechnická (VŠSE), nejprve jako součást Českého vysokého učení technického v Praze. Roku 1953 získala nezávislé postavení a začala se rychle rozvíjet. V roce 1960 se VŠSE rozdělila na dvě fakulty – strojní a elektrotechnickou. Další dvě nové fakulty – aplikovaných věd a ekonomická – vznikly v roce 1990, krátce po sametové revoluci.

V roce 1993 k nim přibyla Fakulta právnická. Sedmou Fakultu humanitních studií dostala ZČU k osmým narozeninám v roce 1999 a za šest let se z ní stala Fakulta filozofická.

Rok 2000 přinesl univerzitě vysokoškolský ústav Nové technologie – výzkumné centrum. Dalším vysokoškolským ústavem se o čtyři roky později stal Ústav umění a designu, následovaný v roce 2008 Ústavem jazykové přípravy a Fakultou zdravotnických studií. Z Ústavu umění a designu se v roce 2013 stala nejmladší, devátá fakulta ZČU, která dnes nese název Fakulta designu a umění Ladislava Sutnara.

Nejnovějšími přírůstky Západočeské univerzity jsou tři výzkumná centra, vybudovaná v univerzitním kampusu z evropských fondů. Výzkumné centrum Nové technologie pro informační společnost (NTIS) bylo otevřeno v roce 2014. O rok později zahájil činnost Regionální technologický institut (RTI) a v roce 2016 ho následovalo Regionální inovační centrum elektrotechniky (RICE).